Появление новых клонов возбудителей часто приводит в эпидемическим подъемам заболеваемости.

Так, например, в 1997 году в Бразилии было учтено более 40 000 случаев кори, 42 из них - со смертельным исходом. От больных выделялся вирус кори генотипа В6. В том же году этот вирус был выделен и в других странах Южной Америки, что позволяет предположить клоновый характер указанной эпидемии.

Эпидемия ВИЧ среди наркоманов, использующих парентеральные пути введения психотропных препаратов, началась в России в 1996 году и привела к взрывообразному распространению ВИЧ-инфекции. За 1996-2001 гг. число ВИЧ-инфицированных потребителей наркотиков увеличилось в десятки раз. Практически все ВИЧ-инфицированные в этой группе были заражены одним вариантом вируса ВИЧ-1, т.е., возникла клональная эпидемия в специфической среде наркоманов. Данный мариан вируса ВИЧ-1 нигде в мире среди наркоманов не встречается, не циркулирует и среди населения стран Западной Европы. Вероятно, этот вариант попал напрямую из Африки на Украину, а затем уже от наркоманов Украины распространился в аналогичной группе населения в России.

Особенности паразито-хозяинных отношений позволили выявить некоторые закономерности, позволяющие прогнозировать дальнейшее развитие свойств возбудителя в процессе циркуляции в человеческом сообществе.

При осуществлении вертикальной передачи отбор идет в сторону снижения патогенности. При этом повышается выживаемость хозяина и в связи с этим выживаемость и самого паразита. В противном случае, при снижении жизнеспособности хозяина возникает проблема сохранения вида паразита.

Горизонтальная передача предполагает возможность отбора в сторону повышения вирулентности, если это способствует интенсификации передачи возбудителя.

При паразитировании одного клона возбудителя происходит снижение вирулентности, т.к. высоковирулентные штаммы слишком быстро "убивают" хозяина и элиминируются.

Если же возможно множественное заражение разными штаммами, то идет отбор в направлении максимальной заражаемости даже в ущерб выживаемости хозяина. Дело в том, что происходит соревнование между паразитами за передачу каждого штамма, и при этом неважно, какой именно штамм убивает хозяина.